En 1984, investigadores de diferentes departamentos de la UACh, incluidos los Centros Regionales, crearon un grupo de trabajo para formar el primer programa de investigación en la UACh, con el propósito de desarrollar la investigación con un enfoque multidisciplinario. Así fue como se creó el Programa Integración Agricultura Industria (PIAI).

En 1990, el PIAI se unió con otros programas para constituir el CIESTAAM; a la fecha sigue integrado en este centro con el Programa de Investigación y Servicio en Nopal, y el Programa de Investigaciones Históricas en la Agricultura, la Agronomía y el Agrarismo (PIHAAA) y el Posgrado.